Расположен в 18 км к северо-востоку от Судака, недалеко от Коктебеля (в 20 км к юго-западу), высоко на склонах Крымских гор, возвышаясь над ущельем Кизилташ на 400-метровой высоте, к северу от села Краснокаменка. Основан предположительно в VII-VIII вв.
Здесь располагается известный во всем мире грот с чудодейственным источником – почитаемые православной церковью святые места, где по приданию любил молиться Преподобный Стефан Сурожский. С монастырского же подворья открывается потрясающий вид на Кизилташскую долину, лежащую внизу
Сейчас доподлинно неизвестно, был ли в действительности тут монастырь во времена С. Сурожского – никаких косвенных доказательств этому нет, несмотря на многочисленные археологические раскопки. Но то, что здесь была армянская обитель и церковь Пресвятой Богородицы в начале XIV ст. ни у кого не вызывает сомнений: археологи нашли остатки этих сооружений, а сейчас продолжаются работы.
Есть так же сведения о существовании тут храма Иоанна Предтечи, но это ничем не подтверждается.
После 1475 года комплекс, как и другие монастыри Крыма, был разрушен турками, захватившими все земли Крыма. Спустя 350 лет, в 1825 г., прятавшийся от дождя пастух нашел в гроте плавающую в источнике икону с ликом Девы Марии. Все это сочли чудом и вскоре сюда потянулись тысячи паломников, а в 1837 г. в пещерной полости возникла часовня.
В мае 1856 году первым настоятелем Кизилташского монастыря был назначен насельник Балаклавского Свято-Георгиевского монастыря отец иеромонах Арсений. В своём отчете о принятии дел отец Арсений пишет: «кроме ветхого домика, имеется ещё четыре землянки, покрытые черепицею, где помещается по 11 человек братии, которые не умеют ни хорошо читать, ни петь по церковному»
При иеромонахе Арсении молитвенный дом был преобразован в церковь во имя святого Стефана Сурожского, которую иеромонах Арсений освятил в 1857 году.
20 августа 1858 года игуменом Кизилташского монастыря был назначен отец Парфений, оставивший самый значительный след в истории монастыря.
В 1851 г. двое паломников построили рядом небольшой скит с часовней – они и стали его первыми иноками. Побывавший здесь в 1853 г. владыка Иннокентий, архиепископ Херсонский и Таврический, тогда же освятил местность и благословил на основание мужского монастыря имени свт. Стефана Сурожского. К 1856 г. тут появилась небольшая церквушка с ветхим домом священника и четыре землянки, где проживали 11 монахов. Первым игуменом стал иеромонах Балаклавского Свято-Георгиевского монастыря Арсений, утвержденный Крымской епархией.
Кизилташский мужской монастырь, бывший первое время лишь убогим скитом, совершенно преобразился при преемнике Арсения – отце Парфении. Он стал тут главным в 1858 г. Стараниями этого удивительного человека с необычной и трагической судьбой было построено большинство монастырских зданий, причем в их возведении он принимал непосредственное участие – и как архитектор, и как каменщик и столяр. Так появилась два сакральных объекта: деревянный, имени Святого Стефана Сурожского, и каменный с колокольней, во имя Успения Пресвятой Богородицы.
Правда, до завершения строительства последнего в 1885 г. Парфений не дожил – он был убит тремя татарами в 1866 г. в целях мести. Тело его, чтобы скрыть следы преступления, убийцы сожгли в глухом ущелье, но на их беду нашелся случайный свидетель, рассказавший обо всем полиции. На месте убийства впоследствии поставили мемориальный памятник, а игумена Парфения в 2000 году канонизировали.
К 1917 году монастырь имел подворья в Феодосии, Геническе и Судаке. На территории монастыря был кирпичный завод, мельница, школа для детей из малоимущих семей. В монастырском саду (ныне стадион) выращивали фрукты и виноград.
Императрица Александра Федоровна лечила ноги в сероводородном источнике во время посещения Кизилташского монастыря императорской семьей.
В октябре 1923 года монастырь закрывают, а на его территорию переезжает сельхозартель из Отуз. В храмах были устроены клуб и общежитие. В 1935 году на территории монастыря располагается санаторий московского военного округа. В годы Великой отечественной войны на территории монастыря располагалась база партизанского отряда. На территории монастыря произошли два крупных боя партизан с карательными отрядами, но монастырские постройки при этом не пострадали.
С 1945 года по 1950 год в монастыре опять размещался санаторий московского военного округа.
В 1950 году по приказу Лаврения Берии все постройки монастыря были взорваны, в скалах были проложены тоннели и на территории монастыря расположился ядерный арсенал ЧФ СССР (12 ГУМО), где производилась сборка и хранение ядерных боеголовок. В 1992 году ядерные боеприпасы были вывезены из Кизилташа.
Начиная с 2000 г., по решению Священного Синода, началось возведение нового монастыря на месте прежнего. В течение нескольких лет построили храм им. Святого Стефана Сурожского (Серафима Саровского), церковь Киево-Печерских святителей, кельи для монахов и послушников. Несмотря на старания советских властей, до сегодня сохранились, пожалуй, главные святыни этой достопримечательности Крыма – Пещеру-грот, где и сейчас можно увидеть росписи 1837 г., и Священный источник.
С образованием в 2012 году Феодосийской и Керченской епархии, монастырь перешёл в её ведение.
Кизилташский монастырь открыт для посещения в любые дни. Конечно, это уже совсем иная обитель – от прежней здесь осталось немногое. Но все равно она однозначно заслуживает внимания, о чем свидетельствуют многочисленные отзывы паломников и туристов, побывавших в нем в последнее время.
Все желающие могут осмотреть Святой грот и Разбойничью пещеру, находящуюся неподалеку, восстановленные могилы с надгробиями конца XIX и начала XX вв. Здесь хранятся мощи Георгия Победоносца, Стефана Сурожского, игумена Парфения, Иннокентия Херсонского и Таврического и Преподобного Гавриила Афонского. Чудесно обретенная икона Богородицы, бывшая главной тутошней святыней, исчезла в 1920-х гг. и где теперь неизвестно.